Am 9. Februar 1970 schlossen sich die Benediktinerinnenabteien Frauenwörth im Chiemsee, St. Walburg in Eichstätt und St. Gertrud in Tettenweis unter Vorsitz des damaligen Abtpräses der Bayerischen Benediktinerkongregation, Dr. Augustin Mayer OSB, Abtei Metten, zu einer Union zusammen und gaben dieser eine vorläufige Satzung.
Da sich die Zusammenarbeit innerhalb der Union bewährte, kamen die beteiligten Abteien überein, eine Föderation dieser Klöster zu begründen und ihr rechtsgültige Statuten zu geben. Die Abtei
Maria Frieden in Kirchschletten schloß sich dieser Gründung an.
Mit Dekret vom 7. Juli 1986 wurde die Föderation der bayerischen Benediktinerinnenabteien durch die Kongregation für die Ordensleute und die Säkularinstitute errichtet.
1989 baten die Abteien Nonnberg in Salzburg und Saint Walburga in Boulder, Colorado, USA (seit 1997 in Virginia Dale, Colorado), eine Tochtergründung von St. Walburg in Eichstätt, um Aufnahme in
die Föderation. Das Föderationskapitel stimmte diesem Antrag zu, und am 18.10.1989 bestätigte der Apostolische Stuhl die Zugehörigkeit dieser Abteien zur Föderation.
Nach fünfjähriger Erprobung erhielten die Statuten der Föderation die endgültige Fassung und wurden mit Dekret vom 1. Januar 1992 durch die Kongregation für die Institute des geweihten
Lebens und die Gesellschaften des apostolischen Lebens endgültig approbiert.
Am 1. Januar 2010 wurde das Priorat St. Emma in Greensburg, USA (seit 1953 abhängiges Priorat der Abtei St. Walburg in Eichstätt), zum unabhängigen Konventualpriorat erhoben und zählt nun als selbständiges Mitglied zur Föderation.